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Escherichia coli
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Classification :
- Phylum : Pseudomonadota
- Classe : Gammaproteobacteria
- Ordre : Enterobacterales
- Famille : Enterobacteriaceae
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Habitat naturel :
- Flore commensale digestive (colon +++) de l’Homme et des animaux
- Espèce dominante de la flore intestinale aérobie
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Facteurs de virulence :
- Protéines d’adhésion
- Production de cytotoxines
- Synthèse de protéases
- Systèmes de captation du fer
- Production d’entérotoxines (souches ECET) : entérotoxine thermolabile, entérotoxine thermostable
- Production de shigatoxines ou vérotoxines (souches ECEH) : Stx1 et Stx2
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Épidémiologie :
- Bactérie ubiquitaire
- Transmission manuportée
- 1ère cause d’infections urinaires
- 2ème cause de méningites néonatales
- Diarrhée infantile dans les pays en voie de développement : mortalité importante
- Syndrome Hémolytique et Urémique (SHU) :
- Touche préférentiellement les enfants < 15 ans
- Sérotype le plus fréquemment impliqué : sérotype O157:H7
- Réservoir : tube digestif des ruminants (bovins +++)
- Contamination par consommation de viande rouge insuffisamment cuite, transmission interhumaine ou par contact direct avec les animaux
- Surveillance des infections à Escherichia coli entéro-hémorragiques en France depuis 1996 : surveillance des cas de SHU chez l'enfant de moins de 15 ans
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Pathogénicité :
- Infections intestinales :
- ECEP (E. coli entéropathogènes) : diarrhées infantiles (pays en voie de développement) avec selles aqueuses et muqueuses + hyperthermie + vomissements
- ECET (E. coli entérotoxinogènes) : diarrhées du voyage (turista), diarrhées infantiles +++ (pays en voie de développement) avec syndrome cholériforme (diarrhées liquidiennes aiguës + crampes abdominales + nausées)
- ECEH (E. coli entérohémorragiques) :
- Diarrhées aqueuses
- Colites hémorragiques (2 à 10 jours)
- Complications :
- Syndrome Hémolytique et Urémique (SHU) avec anémie hémolytique + thrombopénie + insuffisance rénale aiguë (triade caractéristique)
- Purpura Thrombotique Thrombopénique (PTT)
- ECEI (E. coli entéroinvasifs) : diarrhées aqueuses ou syndrome dysentérique (hyperthermie + diarrhées sanglantes et purulentes)
- ECEA g (E. coli entéroagrégatifs) : diarrhées aiguës ou persistantes (enfants et adultes)
- ECEAgST (E. coli entéroagrégatifs producteurs de shigatoxine) : épidémies massives de diarrhées
- ECAD (E. coli à adhésion diffuse) : diarrhées pédiatriques (enfants de 2 à 5 ans)
- Pathologies intestinales chroniques :
- Implication dans la forme iléale de la maladie de Crohn
- Implication dans le cancer colorectal
- Infections extra-intestinales :
- Infections urinaires (cystites, pyélonéphrites)
- Infections para-intestinales : appendicites, péritonites, cholécystites
- Méningites néonatales
- Bactériémies
- Infections ostéo-articulaires
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Prélèvement :
- Urines
- Sang pour hémocultures
- Liquides de ponction
- Suppurations diverses
- Biopsies
- Liquide céphalorachidien
- Selles
Réalisation de l'examen direct
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Mise en culture :
- Bactéries non exigeantes
- Respiration : aéro-anaérobie facultative
- Milieux : milieux usuels, milieux chromogènes
- Incubation : 37°C, air ambiant
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Identification :
- Caractéristiques antigéniques :
- Typage des antigènes somatiques O = lipopolysaccharide de surface
- Typage des antigènes H = protéines de flagelles
- Typage des antigènes K = antigènes de surface (enveloppe ou capsule)
- Typage des antigènes F = antigènes des systèmes d’adhésion (pili)
- Caractéristiques biochimiques d'orientation :
- Catalase positive
- Oxydase négative
- MALDI-TOF couplé à la spectrométrie de masse (attention : confusion avec Shigella sp.)
- Galeries d'identification bactérienne
- PCR (identification, recherche des toxines)
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Résistances naturelles :
- Groupe 1 des Entérobactéries : céphalosporinase non exprimée
- Souche sauvage = souche multisensible aux antibiotiques utilisés contre les bactéries à Gram négatif
- Pénicillinases plasmidiques
- Céphalosporinase hyperproduite
- β-lactamases à spectre étendu
- Carbapénémases
Résistances acquises aux β-lactamines :
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Traitement curatif :
- Syndrome Hémolytique et Urémique : pas de traitement antibiotique, traitement symptomatique
- Diarrhées aiguës : traitement symptomatique, antibiothérapie uniquement si forme sévère
- Méningites : association d’une β-lactamine + aminoside ou fluoroquinolone
- Infections urinaires :
- Infection urinaire simple de la femme :
- 1ère intention : fosfomycine trométamol (traitement minute)
- 2ème intention : pivmécillinam (5 jours)
- Cystite à risque de complications de la femme :
- Avec ECBU : amoxicilline (1ère intention), pivmécillinam (2ème intention)
- Sans ECBU : nitrofurantoïne (1ère intention, fosfomycine-trométamol (2ème intention)
- Infections urinaires masculines :
- 1ère intention : ciprofloxacine
- 2ème intention : cotrimoxazole
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Prophylaxie :
- Cystites récidivantes de la femme : triméthoprime ou fosfomycine-trométamol
- Respect des mesures d'hygiène des mains
- Désinfection efficace des plaies
- Prévention de l'infection à Escherichia coli entéro-hémorragique :
- Application de pratiques d'hygiène strictes tout au long de la chaîne alimentaire
- Formation des personnels impliqués dans la préparation des produits végétauux et animaux crus
- Cuisson à coeur de la viande de boeuf
- Lavage des fruits et légumes avant la consommation
- Séparation des aliments cuits et crus dans le réfrigérateur
Mise à jour : avril 2024