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SARS-CoV2 (virus du COVID)
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Classification :
- Ordre : Nidovirales
- Famille : Coronaviridae
- Sous-famille : Orthocoronavirinae
- Genre : Betacoronaviridae
- Sous-genre : Betacoronavirinae
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Structure de la particule virale :
- Taille : 100 nm
- Génome : ARN simple brin de polarité positive
- Capside hélicoïdale
- Virus enveloppé
- 4 protéines essentielles :
- protéine S (spicule ou spike) : responsable de l’aspect en couronne du virion, cible des anticorps neutralisants
- protéine M (matrice) : structure du virion, interaction avec les protéines E et N
- protéine E (enveloppe) : assemblage des virions et exocytose, nécessaire pour l’infectiosité du virus
- protéine N (nucléocapside) : interaction avec l’ARN viral, participe à l’assemblage des virions
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Cycle de multiplication virale :
- Multiplication virale dans le cytoplasme des cellules.
- 1 – Attachement du virus à la cellule-hôte
- 2 – Entrée du virus
- 3 – Décapsidation
- 4 – Traduction de 2 polyprotéines virales par les ribosomes cellulaires
- 5 – Maturation des polyprotéines en polypeptides fonctionnels par des protéases virales
- 6 – Formation d’un complexe de réplication virale
- 7 – Réplication virale : transcription de l’ARN viral qui sert de matrice pour 2 voies de transcription :
- voie de transcription continue : aboutit à la formation du génome complet
- voie de transcription discontinue : aboutit à la formation de la capside
- 8 – Synthèse des protéines virales de structure
- 9 – Libération des nouveaux virions par exocytose
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Épidémiologie :
- Responsable de la pandémie de COVID-19.
- Premier cas officiel en France : janvier 2020, circulation probable lors du quatrième trimestre 2019
- Transmission :
- directe par voie aérienne
- indirecte via des surfaces souillées (durée de vie du virus en dehors d’un hôte : 1 à 10 heures selon le type de surface)
- Évolution initiale de l’infection par « vagues » successives
- Août 2023 : estimation à environ 7 millions de morts dans le monde depuis le début de la pandémie
- Facteurs de risque d’infection sévère :
- âge > 65 ans
- sexe masculin
- comorbidités (diabète, obésité, cardiopathies, maladies respiratoires chroniques, immunodépression…)
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Pouvoir pathogène :
- Responsable de la pandémie de COVID-19.
- Période de contagiosité :
- 48h avant le début des symptômes et jusqu’à 10 jours après
- difficile à évaluer chez le sujet asymptomatique
- formes sévères : allongement de la durée de contagiosité
- Durée d’incubation : 48h à 5 jours
- Symptomatologie très variée :
- fièvre
- symptômes respiratoires : toux, dyspnées
- signes neurologiques : céphalées, anosmie, agueusie
- symptômes digestifs : anorexie, diarrhées
- atteinte cardiaque : hypertension, thromboses veineuses…
- insuffisance rénale aiguë
- COVID « long » : persistance des signes généraux (fatigue chronique) + dyspnée d’effort
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Prélèvement :
- Écouvillon nasopharyngé
- Aspiration nasopharyngée
- Prélèvements respiratoires profonds
- Selles
- Liquide céphalo-rachidien (LCR)
- Sang
- augmentation des transaminases et de la bilirubine sériques
- hypercréatininémie
- augmentation de la CRP
- atteinte hématologique : hyperleucocytose, lymphopénie
- Scanner thoracique (pneumopathie interstitielle bilatérale avec aspect en verre dépoli)
- RT-PCR en temps réel qualitative
- PCR quantitative (laboratoires spécialisés, indications limitées)
- Test de diagnostic rapide : recherche de l’antigène viral (si positif, patient contagieux)
- En cas de positivité de la RT-PCR de dépistage, une recherche de mutations d’intérêt (criblage) ou un séquençage complet du génome du SARS-CoV2 peuvent être réalisés afin de déterminer la nature du variant.
- Dosage quantitatif des IgG anti-SARS-CoV2 (dirigés principalement contre les protéines de spicule S et de nulcéocapside N) : reflet de l’immunisation post-infection ou post-vaccinale
Perturbations biologiques possibles :
Imagerie médicale :
Diagnostic direct :
Diagnostic indirect : sérologie
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Éléments de traitement :
- Anticorps monoclonaux utilisés dans les formes graves
- Traitement symptomatique
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Prophylaxie :
- Mesures de prévention de l’infection :
- Distanciation entre les individus (personnelle et collective)
- Gestes barrières : port d’un masque, gants, lavage des mains
- Bionettoyage des surfaces éventuellement contaminées
- Vaccination (ARN messagers)
- Surveillance de l’apparition de nouveaux variants :
- Réseaux de surveillance mondiaux de l’apparition de nouveaux variants (notamment résistants à la vaccination)
- Séquençage régulier d’un échantillonnage de souches en France : suivi de l’évolution des variants
Mise à jour : janvier 2024